Di Sekolah Republik Indonesia Tokyo terdapat beberapa fasilitas yang dapat menunjang kegiatan pembelajaran para siswa
Perpustakaan yang nyaman membantu para civitas akademik dalam mencari referensi tambahan
Ruang belajar dan bermain untuk siswa taman kanak-kanak (TK) yang nyaman dan menarik
Ruang kelas yang bersih dan lengkap sehingga para siswa dapat belajar dengan nyaman
Laboratorium biologi yang dapat menunjang kegiatan praktikum biologi para siswa
Laboratorium fisika yang dapat menunjang kegiatan praktikum fisika para siswa
Laboratorium kimia yang dapat menunjang kegiatan praktikum kimia para siswa
Laboratorium komputer yang dapat menunjang kegiatan pembelajaran teknologi informasi dan komunikasi para siswa
Ruang kostum yang digunakan untuk pagelaran acara kesenian dan kebudayaan bagi para siswa dan guru
Ruang musik sebagai tempat para siswa untuk mengembangkan minat dan bakat mereka di bidang musik
Kantin sebagai tempat para siswa untuk berkumpul dan bersosialisasi bersama
Keberadaan Masjid Indonesia Tokyo yang memudahkan para civitas akademik muslim untuk beribadah dan melaksanakan kegiatan keagamaan
Gedung olahraga yang dapat digunakan untuk berbagai kegiatan olahraga dan digunakan sebagai tempat penyambutan kunjungan dan berbagai acara lainnya
Terdapat beberapa klub dan kegiatan ekstrakulikuler yang dapat menunjang minat dan bakat para siswa di bidang non-akademik